Sekolah Tinggi Teologi Imanuel Pacet ini berdiri dimulai dari usulan para pejabat gereja dalam Persekutuan Pejabat Gereja (PPG) Nasional pada tahun 1989 untuk membuka kembali Sekolah Alkitab yang sudah vakum cukup lama. Dari usulan tersebut kemudian ditindak lanjuti dengan Sekolah Alkitab Imanuel Pacet (SAI) dari hasil MUBES (Musawarah Besar) Gereja Sidang Jemaat Pentakosta Di Indonesia. Kemudian ditetapkan sebagai  Direktur Sekolah Alkitab Imanuel Pacet adalah Pdt. D. Heru Santosa. Dan dibuka perkuliahan pertama pada tanggal 1 September 1991 dengan kondisi fasilitas dan pengurus masih sangat sederhana, dengan kepala asrama merangkap tenaga administrasi bapak Silas Sunardji. Jumlah siswa pertama kali pembukaan berjumlah 18 orang.

Pada tahun 2004 direktur Sekolah Alkitab Imanuel Pacet diganti oleh Dr. Daniel Ishak, M.Th. Dari Sekolah Alkitab Imanuel Pacet dikembangkan lagi untuk peningkatan mutu pendidikan dengan adanya tuntutan jaman. Maka dikembangkan lagi dalam bentuk Sekolah Tinggi Teologi Imanuel Pacet dengan standar kelas ekstensi. Pada tahun 2006 mengajukan ijin dari Pembimas KEMENAG Jawa Timur. Dengan ijin penyelenggaraan baru tingkat Kementrian Agama Bimbingan Masyarakat tingkat Provinsi. Setelah dapat ijin operasional diperbolehkan untuk mengadakan ijin sementara dengan dasar supaya dilanjutkan untuk ijin ke Pembimas KEMENAG RI pusat. Dari tahun 2006 sampai 2010 berhasil melaksanakan wisuda lokal dua kali. Dan sejak saat itu menghadapi masa kevakuman tidak ada aktifitas perkuliahan lagi.

Melalui kesepakatan bersama dari para pengurus Departemen Pendidikan Sinode Gereja Sidang Jemaat Pentakosta Di Indonesia dibentuklah Yayasan Putera Harapan Bangsa yang mewadahi Sekolah Tinggi Teologi Imanuel Pacet kejenjang perijinan tingkat nasional dengan ketua Sekolah Tinggi Teologi Imanuel Pacet saat itu adalah Dr. Simon Subagio, M.Th.,M.Pd.K.,M.Si. Tepat setelah mendapat visitasi dari Pembimas Kristen Protestan pada bulan Desember, maka Surat Keputusan Ijin Penyelenggaraan disyahkan pada tanggal 16 Desember 2014 yaitu Program Studi Teologi dan Program Studi Pendidikan Agama Kristen beserta ijin Institusi Sekolah Tinggi Teologi Imanuel Pacet. Mahasiswa reguler pertama kali berjumlah lima orang untuk menambah jumlah, maka dibukalah kelas ekstensi di Surabaya dengan jumlah mahasiswa pertama kali ada 10 orang. Perkuliahan kelas Surabaya diadakan di Gereja Sidang Jemaat Pentakosta Di Indonesia di Jl. Adityawarman – Surabaya. Seiring dengan bertambahnya waktu ada penambahan dari jumlah siswa dan pada tahun 2015 dibuka lagi kelas ekstensi di Driyorejo dengan jumlah mahasiswa mencapai dua belas orang. Perkuliahan diadakan di gedung Gereja Bethel Tabernakel Driyorejo. Dan pada tahun 2018 jumlah mahasiswa sudah mencapai 45 (empat puluh lima) orang.